Destylarnia powstała w okresie największego boomu wiktoriańskiego na ten trunek, czyli pomiędzy rokiem 1870 a 1900. W owym czasie w samej Szkocji powstało około 40 destylarni, z czego ponad 20 przetrwało do dnia dzisiejszego. Reszta niestety nie wytrzymała próby czasu i zniknęła z powierzchni ziemi.
Początek destylarni Bunnahabhain datuje się na 1881 rok – wtedy to właśnie zakupiono 20 hektarów ziemi, na której miała powstać kompletna infrastruktura produkcyjna oraz pozostałe zabudowania. Transakcja opiewała na obłędną wówczas kwotę 2000 funtów, co w przeliczeniu na dzisiejsze pieniądze daje ok. 200 tysięcy funtów (ok. miliona złotych za samą ziemię).
